La direction du Centre Hospitalier de Villeneuve-sur-Yonne est assurée par un Directeur, nommé par le Ministère de la Santé, assisté par le Directoire qu'il préside. Cette instance l'appuie et le conseille dans la gestion et la conduite de l'établissement.

- Le Conseil de Surveillance (CS) :
Instance décisionnelle qui veille au respect de la politique générale de l'établissement, des projets, et des moyens financiers et humains.

- La Commission Médicale d'Etablissement (CME) :
Instance représentative du corps médical, qui détermine :
* Le projet médical de l'établissement ;
* Les mesures d'organisations des activités médicales et pharmaceutiques ;
* La définition des orientations et les mesures relatives à la politique d'amélioration continue de la qualité.

- La Commission des Soins Infirmiers, de Rééducation et Médico-Techniques (CSIRMT).

- La Commission Des Usagers (CDU) :
La Commission des usagers veille au respect des droits des usagers et facilitent leurs démarches, elle contribue par ses avis et propositions à l'amélioration de la politique d'accueil et de prise en charge des personnes malades et de leurs proches.

- La Commission de Coordination Gériatrique (CCG).

- Le Comité d'Hygiène, de sécurité et des Conditions de Travail (CHSCT) :
Instance qui veille au respect de la politique de prévention des risques professionnels et au strict respect des règlements sanitaires et d'hygiène.